除了上述职务，他还有诸多学术兼职，包括教育部高校历史学科教学指导委员会委员、中国社会史学会常务理事、中国经济史学会理事、太平天国史研究会常务理事、日本广岛历史学会海外评议员等。

2017年12月31日，一段时长9秒钟的视频在网络热传。视频中，一名身穿警服男子持木棍击打一只拴在路边的金毛犬。金毛犬最终倒在路边，疑似死亡。“民警路边棒杀犬只”一事引发争议，有网友指出，事发湖南长沙。

《时隔67年！两位上甘岭战役特等功臣隔空互敬军礼》需要指出的一点是，吴敦义目前负债累累的处境，与蔡当局早前通过的“不当党产处理条例”紧密相关。在蔡英文亲自下令下，“不当党产条例”于2016年7月25日通过，次月12日正式生效，仅仅20天之后，“不当党产处理委员会”就于2016年8月31日挂牌运作。有台媒报道称，由于“党产会”匆促上路，来不及借调公务员成为编制人员，为此，只能大量找聘用人员“代打”。蔡当局迫不及待清算国民党党产的心态由此可见一斑。